Na maioria das vezes, os cordados são diócos, ou seja, possuem sexos separados.
Nos urocordatos a reprodução é hermafrodita, com fecundação externa. Já os cefalocordatos os sexos são separados e as gônadas lançam os gametas na cavidade atrial, sendo depois eliminados pelo poro atrial; a fecundação acontece em meio aquático e o desenvolvimento é direto.
Quanto aos vertebrados a reprodução difere com a classe em questão:
Agnatha: possuem fecundação externa e desenvolvimento indireto.
Chondrichthyes: a fecundação geralmente é interna e as nadadeiras do macho são modificadas, dando origem a órgãos copuladores; a maioria das espécies são ovíparas ou ovovivíparas, o desenvolvimento é indireto sem gerar larvas.
Osteichthyes: a fecundação e o desenvolvimento do embrião são externos.
Amphibia: a fecundação é externa e ocorre em meio aquático; são ovíparos e dotados de cloaca.
Reptilia: a maioria das espécies são ovíparas, mas existem também as ovovivíparas, ou seja, os embriões desenvolvem-se dentro de ovos e no interior do corpo da fêmea, sendo que os ovos são chocados após saírem do corpo da mãe.
Aves: possuem cloaca e todas as espécies são ovíparas, com ovo sujeito à incubação;
Mammalia: os animais dessa classe são obrigatoriamente vivíparos, com exceção dos monotremados. Possuem um útero, que é o órgão da fêmea que abriga o feto durante a gestação, sendo que a conexão entre a cria e o organismo materno é feito por meio da placenta, presidindo as trocas respiratórias e metabólicas entre mãe e filho.
Fontes:
http://www.biomania.com.br/bio/conteudo.asp?cod=3237
http://www.algosobre.com.br/biologia/filo-chordata.html
http://pt.wikipedia.org/wiki/Mamíferos
Texto originalmente publicado em https://www.infoescola.com/animais/sistema-reprodutor-dos-cordados/