A excreção no subfilo dos vertebrados é realizada através de um par de rins, sendo que cada um desses órgãos possui um grande número de unidades excretoras, que podem ser do tipo: pronefrons, mesonefrons e metanefrons. O tipo de excreta dependerá da disponibilidade de água do animal, podendo ser amônia, ácido úrico ou uréia.
Nos urocordados não são encontrados órgãos especializados na excreção, sendo que as células armazenam a excreta nitrogenada. A eliminação da amônia se dá na superfície a da cesta faríngea, saindo do organismo junto com a água pelo sifão exalante.
Nos cefalocordados, a excreção é realizada através dos solenócitos (estruturas equivalentes às células-flama dos platelmintos, moluscos e anelídeos), distribuídos segmentadamente por todo o corpo do animal.
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Fontes:
http://www.algosobre.com.br/biologia/filo-chordata.html
http://www.coladaweb.com/biologia/reinos/cordados
http://www.fag.edu.br/professores/karin/Zoologia%20III/01.%20FILO%20CHORDATA.doc.